Jaskinia Raj jest typową jaskinią krasową rozwiniętą w wapieniach. Choć niewielka, wyróżnia się wśród polskich jaskiń bogatą i dobrze zachowaną szatą naciekową. Należy do nielicznych w kraju jaskiń oświetlonych elektrycznie (oświetlenie światłowodowe) i udostępnionych do zwiedzania pod opieką przewodnika.

Korytarze jaskini wytworzone zostały w wapieniach środkowego dewonu, które ok. 360 milionów lat temu powstały na dnie płytkiego morza. Rozwój jaskini zachodził w kilku etapach, głównie pod koniec trzeciorzędu i w czwartorzędzie.