Muzeum regularnie organizuje wystawy czasowe, konferencje i seminaria naukowe, prowadzi badania naukowe, wydaje książki naukowe i popularnonaukowe, organizuje zajęcia edukacyjne poświęcone zarówno wartościom kulturowym, jak i przyrodniczym wilanowskiej rezydencji. Na wortalu muzeum, będącym wielkim repozytorium wiedzy i zasobów edukacyjnych, znajduje się kilka tysięcy artykułów przybliżających historię i kulturę Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Muzeum wprowadza również nowe technologie, ułatwiające gościom zwiedzanie.
